La función principal de la Iglesia de Scientology Internacional es coordinar las actividades de las iglesias, misiones y ministros en el campo que constituyen la jerarquía, y garantizar que trabajen en armonía hacia el objetivo supremo de Scientology de crear una civilización mejor.

La Iglesia Madre promueve este propósito religioso orientando, apoyando y coordinando en todos los niveles de la jerarquía las actividades relacionadas con el ministerio de los servicios religiosos, el entrenamiento de los ministros y demás personal, la diseminación y administración eclesiástica, así como las actividades que contribuyen al mejoramiento de la sociedad.

La Iglesia de Scientology Internacional se ocupa también de la publicación y distribución de la Escritura de Scientology en todo el mundo a través de dos casas editoriales, una situada en los EE.UU. y la otra en Dinamarca, y una división interna, Golden Era Productions, que produce películas religiosas, cintas de vídeo, de audio, y discos láser en el estudio de grabación de sus instalaciones.

Las iglesias que ofrecen servicios religiosos a los feligreses están organizadas en una jerarquía que refleja la naturaleza gradual de los niveles espirituales de la religión. Como se expone más adelante, los servicios religiosos de Scientology se dirigen por el oficio de los ministros independientes laborando en sus campos, en iglesias de todos los tamaños.